La nuova sede si trova nel ristrutturato chiostro della Badia, con ingresso da via Dante, prossima a Piazza Sant'Angelo. E' stato inaugurato il 30 marzo 1996. Fu fondato nel 1972 inizialmente come antiquarium annesso alla biblioteca comunale, finchè non ebbe una sede autonoma in piazza Linares nel 1973. Custodisce le collezioni archeologiche rinvenute nel territorio di Licata che si inseriscono in un ampio arco storico che va dal paleolitico alla ellenizzazione sino all'età ellenistica-romana.

La Badia, così è detta localmente, è l'antico partenio delle monache dell'ordine cistercense. Sino alla 2a metà dell'800 figura sotto il titolo di S. Maria del Soccorso. I rinnovati locali risalgono al 1636 e si sviluppano attorno ad un ampio e luminoso chiostro quadrangolare porticato. Nei primi del 700 viene ampliato con l'aggiunta della nuova ala prospiciente sulla piazza S.Angelo e il largo S. Salvatore. Il museo occupa solo una parte del piano terra del monastero e il chiostro.